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No ano 2029, as fronteiras entre seres humanos e ciborgs são cada vez menos nítidas. Os seres humanos agora substituem seus órgãos doentes por similares sintéticos, exceto no caso do cérebro. Assim, o que define que alguém continua sendo um homem é o seu "fantasma", isto é, a parte de seu corpo que contém sua identidade humana. Num mundo inteiramente dominado pela Internet, também o crime se tornou mais organizado e sofisticado. Para enfrentar uma onda de crimes, cria-se o agente secreto definitivo. É o Projeto 2501, desenvolvido pelo Ministério das Relações Exteriores. Mais conhecido como o Mestre das Marionetes, trata-se de um ser inteiramente virtual, que não tem corpo e pode navegar livremente pela Internet em busca das informações de que o Ministério necessita. 0 agente virtual parece o cúmulo da perfeição. Até que um dia ele decide que chegou a hora de ter um corpo humano. Enquanto o Ministério e o Birô Interno de Investigações lutam para controlá-lo, ele faz seu jogo junto à agente especial do Birô designada para enfrentá-lo, a major Kusanagi. Este desenho animado baseia-se num famoso mangá japonês.